Masa inkubasi flu Singapura berlangsung kurang lebih 1 minggu sebelum munculnya tanda dan gejalanya, yaitu:
- Demam tinggi.
- Sakit tenggorokan.
- Hilangnya nafsu makan.
- Muncul luka, seperti melepuh berwarna merah di lidah, gusi, dan bagian dalam pipi.
- Ruam.
- Bayi dan balita akan rewel dan mudah marah.
- Sakit perut.
- Muntah.
- Batuk.
HFMD umumnya diawali dengan demam, nyeri tenggorokan atau menelan, nafsu makan yang menurun, dan nyeri atau tidak enak badan. Setelah demam 1-2 hari, timbul bintik-bintik merah di rongga mulut (umumnya berawal di bagian belakang langit-langit mulut) yang kemudian pecah menjadi sariawan.
Kemudian, 1-2 hari timbul juga ruam-ruam kulit dan bintik-bintik merah di telapak tangan dan kaki. Meskipun kelainan selaput lendir dan kulit pada HFMD melibatkan rongga mulut, telapak tangan dan kaki, namun ruam juga dapat timbul di tungkai, lengan, bokong, dan kulit sekitar kemaluan.
Orang dewasa dan orang dengan sistem kekebalan tubuh baik mungkin saja terinfeksi virus HFMD, namun tidak menunjukkan gejala sama sekali (asimtomatik). Kelompok ini bukanlah kelompok penderita, namun potensial sebagai pembawa (carrier) virus HFMD dan menyebarkannya.